重点实验室与国内外科研机构保持良好的合作关系。如与香港大学的George Tsao教授、Annie Cheung教授、复旦大学杨芃原和蓝斐教授、中国科学院北京基因组研究所的刘斯奇教授、国家蛋白质中心徐平教授以及中山大学的彭宣宪教授等一直保持密切合作，且不时安排学生进行交流和学习；同时每两年举办一次全球性的炎症与肿瘤 - 蛋白质组学（国际）研讨会，目前已成功举办三次，每次与会人数超过400人；同时实验室多次安排学科骨干赴外合作研究，吴晓萍研究员作为访问学者，于2011.11-2012.11在美国Taxes A&M University 进行为期1年的学术交流。季煜华研究员作为访问学者，于 2012年12月至2014年9月赴美国斯坦福大学医学中心访学。通过与多个国际知名大学的合作研究，共同发表研究论文，如与张丽雯教授的合作成果发表在Nature Communications（IF：12.35）及Clinical Cancer Research（IF：10.199）上。以实验室主任何庆瑜教授为代表的团队近年来参与国际人类蛋白质组计划（Human Proteome Project），其中何庆瑜教授，张弓研究员、王通研究员均受国际人类蛋白质组组织(HUPO)主席Gilbert S. Omenn博士的邀请做大会报告，其中张弓研究员代表中国蛋白质组学学会在HUPO2014世界大会上做翻译组学专题报告。在2018年的第十届中国蛋白质组学大会上，张弓研究员，孙雪松研究员，王通研究员，李斌副研究员做特邀报告。近年来，重点实验室人员及学生代表参加国内外学术会议，如2018第十届中国蛋白质组学大会、第七届广州国际肿瘤学会议、2017年第三届炎症与肿瘤-蛋白质组学国际研讨会等近100人次，多名学术骨干做大会报告，多名学生获得大会优秀论文奖及最佳海报奖。近年来，邀请国内外专家来实验室讲学约10人次。